El ICSOH promueve y mantiene una sólida red de vinculaciones con instituciones nacionales e internacionales a través de convenios de colaboración, cooperación y asistencia técnica, con el objetivo de desarrollar investigación y formación de alto nivel. La cooperación involucra organismos e instituciones públicos y privados de la provincia de Salta, Argentina, la región y el mundo, incluyendo ministerios, agencias científicas, ONGs, fundaciones, museos, archivos, bibliotecas, universidades y centros de estudios avanzados. El ICSOH se integra a un sistema federal de institutos y unidades ejecutoras del CONICET (los centros científicos tecnológicos-CCT), que consolidan las conexiones y comunicaciones descentralizadas. Además, varios investigadores del ICSOH han sido beneficiarios de becas y fondos especiales de investigación de instituciones nacionales y extranjeras, o forman parte de redes temáticas. El ICSOH también recibe frecuentemente investigadores y profesores visitantes en el marco de proyectos especiales y convenios de cooperación con otras instituciones.